根据《探矿权采矿权转让管理办法》和国土资源部发布实施的《矿业权出让转让管理暂行规定》的规定，转让国家出资勘查所形成的探矿权、采矿权的，应由矿业权人委托具有相应矿业权评估资质的机构对矿业权进行评估。评估结果由国务院地质矿产主管部门备案或确认。矿业权人转让国家出资勘查形成的矿产地的矿业权的，中央财政出资勘查形成矿产的矿业权的评估结果，由国务院地质矿产主管部门进行备案或确认。地方财政出资勘查形成矿产地的矿业权的评估结果，委托省级人民政府地质矿产主管部门进行备案或确认。
中央和地方财政共同出资勘查形成矿产地的矿业权的评估结果，经省级人民政府地质矿产主管部门提出审查意见，由国务院地质矿产主管部门备案或确认。国家与企业或个人等共同出资勘查形成矿产地的矿业权的评估结果，按照国家出资的渠道，分别由国务院地质矿产主管部门进行备案或确认。
转让国家出资形成勘查形成的矿业权的，由登记管理机关根据备案或确认的矿业权评估结果收取相应的采矿权价款。
在矿业权评估方面，根据国土资源部2008年颁布实施的《矿业权出让转让管理暂行规定》第八条的规定，矿业权人转让国家出资勘查形成矿产地的矿业权的，由矿业权人委托评估机构进行矿业权评估。这一规定，容易诱发矿业权转让人与评估机构串通低估矿业权价款的道德风险。
2008年2月28日财政部和国土资源部联合下发了《关于探矿权采矿权有偿取得制度改革有关问题的补充通知》规定：“国土资源管理部门会同财政部门要加强对无偿占有（取得）的矿业权处置过程中价款评估的管理。矿业权价款应委托矿业权评估机构评估，评估结果由国土资源管理部门按照有关规定进行备案。评估机构由国土资源管理部门和财政部门统一委托，采取公开、竞争的方式确定。”因此，自2008年2月28日以后，因确认应当补交的矿业权价款的目的而进行的矿业权评估，其评估机构不再由矿业权人自行委托，而应由国土资源部门会同财政部门采取公开、竞争的方式统一委托。
